Si bien eliminar y limpiar puede sonar igual, definitivamente no lo son. Uno está destinado a eliminar el archivo de su computadora y el otro es solo un limpiador que intenta curar los datos infectados. Además, la cuarentena tampoco!
En general, si se trata de un gusano o un troyano, la mejor opción es poner en cuarentena o eliminar. Si es un verdadero virus, la mejor opción es limpiar. Sin embargo, esto supone que en realidad es capaz de distinguir exactamente qué tipo es, lo que no siempre es así.

La mejor regla de oro es pasar de la opción más segura a la más segura. Comience por limpiar el virus. Si el antivirus analiza que no puede limpiarlo, elija poner en cuarentena para tener tiempo de examinar qué es y luego decidir si desea eliminarlo. Solo elimine el virus si el analizador AV lo recomienda específicamente, si ha investigado y encontrado que el archivo es totalmente inútil y está absolutamente seguro de que no es un archivo legítimo, o si simplemente no hay otra opción.
Vale la pena revisar la configuración de su software antivirus para ver qué opciones se han configurado previamente para su uso automático y realizar los ajustes correspondientes.

Espero que esto ayude.

Saludos,
Lokesh